iOSのバージョンアップに伴いアプリもバージョンアップして行きますが不具合で動かない場合があります。そこで私の場合はiTunesでアプリを保存しています。バージョンアップを行うとiTunesのアプリは最新になり古いバージョンの物はゴミ箱に移動されるのでゴミ箱内のアプリをすべてバックアップしています。yahooボックスの最新版はiOS5では使えなくなってしまったのでバックアップからリストアしました。yahooボックスは基本的にiPhone内にデータは保存していないので助かりました。
バックアップしたアプリには認証者情報が入っているためアプリをダウンロードしたアップルIDとパスワードを入力しないとインストールできませんので注意してください。古いバージョンのアプリをインストールするにはiTunes内の最新のアプリを削除しバックアップしたアプリをフォルダにコピーします。iPhoneのアプリを削除後にパソコンとiPhoneを接続してアプリをインストールします。iPhone内のデータは削除されてしまいます。
私の場合データはiPhone内にできるだけ保存しないようにしています。DropBoxやGoogle Driveなどのオンラインストレージにデータをバックアップできるアプリを選ぶようにしています。時間があるときにiPhone内のデータをオンラインストレージに保存してしまいます。アプリのトラブルで削除しなくてはならない時でも被害が最小限になります。連絡先やカレンダーはiCloudやGoogleカレンダーやタスクに書き込むように設定しています。iPhone&iPadの母艦としてはMacを使うのが楽です。連絡帳のメンテナンスグループ分けなどが簡単に行えます。