最初現行の物をアップデートしたら動きが悪く新しいHDDを購入してMervericksをインストールし直して環境が出来上がったのでOSアップデートしたHDDをMervericksをクリーンインストール後にYosemiteにしてみたところ現行の物をアップデートした時よりも動きが良くなった。
どうやらインストール済みのアプリの影響だったようだ。DropBox等のバックグラウンド同期系のアプリやYosemite未対応のアプリの影響だったようだ。
今回はYosemiteに変更した後にMac Appストアからアプリをインストールしたら現行の物をアップデートした物と比べ快適に動いている。